Die Fachstelle setzt sich zum Ziel, den gegenwärtigen Rechtsextremismus aus einer Genderperspektive zu betrachten. Nach wie vor wird Rechtsextremismus häufig als ein „männliches Phänomen“ wahrgenommen. Mit solch einem verengten Blick geraten jedoch nicht nur rechtsextreme Frauen, ihre Strategien, Positionen und Handlungen aus dem Blick. Vielmehr bleiben verschiedene Handlungsmöglichkeiten in der Arbeit gegen Rechtsextremismus verschlossen, die sich mit einer geschlechterreflektierten Perspektive durchaus ergeben. Geschlechterreflektiert heißt immer auch, Mädchen und Jungen konkret wahrzunehmen und zu fragen, inwiefern die Möglichkeit, in der rechten Szene ein "ganzer Kerl" sein zu dürfeb oder sich als Straßenkämpferin auszuprobieren, Motive sein können, um in die Szene einzusteigen.
Bislang gibt es wenig gebündeltes Wissen darüber, welche Möglichkeiten ein reflektierter Blick auf Geschlecht auch in der zivilgesellschaftlichen und pädagogischen Arbeit gegen Rechtsextremismus eröffnen kann. Mit der Fachstelle will die Amadeu Antonio Stiftung diese Diskussion vorantreiben:

im öffentlichen Bereich aber auch in zivilgesellschaftlichen Projekten und der Forschung. Gleichzeitig soll im Stiftungswesen sowie in staatlichen und länderspezifischen Förderprogrammen auf die Relevanz des Themas hingewiesen und auf neue Entwicklungen im Feld aufmerksam gemacht werden.